Sejarah berdirinya Perpustakaan SMP Negeri 6 Yogyakarta tidak dapat dipisahkan dari berdirinya SMP Negeri 6 Yogyakarta. Perpustakaan SMP Negeri 6 Yogyakarta pada awalnya berada di samping Aula, bersebelahan dengan Lapangan Badminton. Seiring berkembangnya pembangunan Sekolah, pada tahun 2011 Perpustakaan SMP Negeri 6 Yogyakarta menempati ruang baru di sisi timur sekolah berjajar dengan Lab IPA dan Kantor TU.

Sebagai Perpustakaan Sekolah yang berada di wilayah D.I.Yogyakarta, Perpustakaan SMP Negeri 6 Yogyakarta mempunyai layanan jogjasiana yang menyediakan berbagai macam informasi tentang Kota Yogyakarta guna menunjang Visi Sekolah menjadi “Insan yang berbudaya”.

Adapun VISI Perpustakaan SMP Negeri 6 Yogyakarta, yaitu : Menjadi sumber belajar yang handal dalam membentuk warga sekolah yang cerdas dan berwawasan luas.

Serta MISI Perpustakaan SMP Negeri 6 Yogyakarta, yaitu : 

Menyediakan bahan pustaka dan sumber informasi yang beragam, berkualitas untuk menunjang pembelajaran dan kebutuhan civitas sekolah.

Memberikan pelayanan yang ramah dan bersahabat kepada pemustaka.

Turut menciptakan civitas sekokolah yang literat.